Para su funcionamiento la Comisión de Seguridad social cuenta con 5 Sub Comisiones Divididas de la siguiente manera:

• Sub comisión de estudios del Instituto de Seguridad Social de las Fuerzas Armadas y Seguro de desempleo.
• Sub comisión de evaluación de la situación de las Guarderías Subrogadas del IMSS e ISSSTE.
• Sub comisión de Estudios del Instituto Mexicano del Seguro Social.
• Sub comisión de estudios del Sistema de Ahorro para el Retiro.
• Sub comisión de estudios del Instituto de Seguridad y Servicios Sociales de los Trabajadores al servicio del Estado.